Mikroorganizmų identifikavimui atlikti naudojama 16S rRNR sekoskaitos analizė (bakterijoms) ir ITS genų DNR sekoskaita (grybams). Mikroorganizmų skaičiaus įvairiuose biologiniuose produktuose nustatymui atlikti naudojami selektyvūs mikrobiologiniai tyrimai, nustatant mikroorganizmų kolonijas formuojančių vienetų skaičių mililitre (KFV mL-1).
