Mikroskopinės analizės metu atliekama biologiniuose produktuose esančios mikrofloros analizė, nustatomas gyvybingų ir negyvybingų mikroorganizmų ląstelių skaičius, analizuojama mikroorganizmų ląstelių veikla (judrumas, dalijimąsis) bei morfologinės sąvybės (forma, dydis).