Augsne ir mājvieta miljoniem mikroorganismu, no kuriem lielākā daļa ir ļoti svarīgi veselīgai augu augšanai. Lielākā daļa mikroorganismu ietekmē augsnes auglību un augu produktivitāti, sadaloties un pārstrādājot barības vielas. Tomēr daži mikroorganismi (piemēram, mikorizas sēnītes un slāpekli fiksējošās baktērijas) tieši mijiedarbojas ar augiem un veicina to augšanu. Svarīgu mikroorganismu kvalitātes un daudzuma pārbaude ir izdevīga iespēja optimizēt augu augšanu.
Kvalitatīvās un kvantitatīvās analīzes galvenie mērķi: